De innovatiebox is een bijzondere regeling in de vennootschapsbelasting voor zelf ontwikkelde immateriële activa, waarvoor een S&O-verklaring is afgegeven. De opbrengsten deze immateriële activa zijn per saldo belast tegen een laag tarief van 5%. Niet alle opbrengsten zijn zondermeer toe te rekenen aan de innovatiebox. Voor de bepaling daarvan wordt gebruikt gemaakt van verschillende toerekeningsmethoden. Om discussie over de omvang van de aan de innovatiebox toe te rekenen voordelen te voorkomen of te beëindigen, zijn veel belastingplichtigen met de Belastingdienst een vaststellingsovereenkomst aangegaan.
Deze vaststellingovereenkomsten bevatten een ontbindende voorwaarde die in werking treedt bij relevante wetswijzigingen. De in het Belastingplan 2017 opgenomen aanpassingen van de innovatiebox zijn aanleiding om vaststellingsovereenkomsten te ontbinden. Voor kleinere belastingplichtigen zal de innovatiebox in veel gevallen ook van toepassing zijn voor immateriële activa die na 30 juni 2016 zijn voortgebracht, mits aan de overige wettelijke vereisten wordt voldaan. De staatssecretaris van Financiën keurt goed dat de vaststellingsovereenkomsten van kleinere belastingplichtigen in boekjaren die aanvangen op of na 1 januari 2017 van kracht blijven. In de bijlage bij het besluit is een modelverklaring opgenomen, waarmee een belastingplichtige kan verklaren dat aan de voorwaarden wordt voldaan, waardoor de vaststellingsovereenkomst zijn geldigheid behoudt. Deze verklaring moet uiterlijk bij het indienen van de aangifte vennootschapsbelasting 2017 worden ingediend.
